De KNMP kent drie secties: de Wetenschappelijke Sectie Openbaar apothekers (WSO), de sectie Landelijke Openbare Apotheken (LOA) en de sectie Apotheker Geneesmiddel & Maatschappij (AGM). De secties richten zich op groepen leden en buitengewone leden die binnen de KNMP onderscheiden kunnen worden (openbaar apothekers, eigenaren van openbare apotheken en apothekers geneesmiddel & maatschappij).
De WSO is de wetenschappelijke vereniging voor het specialisme openbaar apotheker en kent een sectieledenvergadering en een bestuur, dat wordt benoemd door het KNMP-bestuur. De secties AGM en LOA functioneren zonder formele sectieledenvergadering en hebben een sectiecommissie in plaats van een bestuur. De leden van de sectiecommissies worden benoemd door de Algemene Vergadering op voordracht van het KNMP-bestuur.
Leden van het KNMP-bestuur vervullen de rol van voorzitter van de LOA-commissie, de AGM-commissie en het WSO- bestuur. De secties organiseren bijeenkomsten voor leden uit hun groep, waarin de specifieke zorgen en wensen van deze leden aan de orde kunnen komen. Een lid kan van een of meer secties lid zijn afhankelijk van zijn rol en/of functiekenmerken.
Ziekenhuisapothekers en industrieapothekers hebben de NVZA, respectievelijk de NIA. Voor deze groepen van leden is er geen sectie.
Sectie LOA
Het apotheekbedrijf krijgt specifieke aandacht binnen de sectie Landelijke Openbare Apotheken (LOA). Alle apotheekvestigingen kunnen lid worden van de LOA, ongeacht de (rechts)persoon die eigenaar is, door het afnemen van het abonnement op de dienstverlening van de KNMP (Zakelijke Bijdrage).
In de LOA staan de sociaal economische belangen van openbare apotheken en zorgen voor een gewaardeerde positie in de gezondheidszorg centraal. De sectie wordt geleid door de LOA-commissie. De commissie geeft gevraagd en ongevraagd advies aan het KNMP-bestuur inzake dossiers die vanuit het bedrijfsmatig perspectief van openbare apotheken relevant zijn.
Sectie WSO
De Wetenschappelijke Sectie Openbaar apothekers (WSO) verankert het vak van openbaar apotheker in de zorg door zich in te zetten op Ontwikkeling, Opleiding, Ondersteuning en Onderzoek.
Binnen de sectie WSO ontwikkelen openbaar apothekers gezamenlijk het apothekersvak verder. Ze helpen elkaar om de nieuwste ontwikkelingen in praktijk te brengen en dragen daarvan de waarde uit naar andere zorgverleners, patiënten en de politiek.
Sectie AGM
Leden van de sectie Apotheker Geneesmiddel & Maatschappij (AGM) oefenen hun professie op veel verschillende werkterreinen uit. Hierbij staat de deskundigheid over het geneesmiddel altijd centraal, in relatie tot het individu of in relatie tot maatschappelijke ontwikkelingen.
Om de leden van de KNMP, die werkzaam zijn buiten de directe individuele patiëntenzorg, bij elkaar te brengen is in 2012 de sectie BO3 opgericht: Beleid, Onderzoek, Onderwijs en Overheid. Een groot deel van de AGM-leden is werkzaam op deze terreinen, maar ook bijvoorbeeld als consultant en adviseur op het gebied van innovatie, implementatie, geneesmiddel ontwikkeling etc. Mede om die reden is in 2016 de naam van de sectie gewijzigd naar AGM. De sectie telt bijna 600 leden.